魚粉やカキ殻など動物性の有機物、油粕や米ぬかなど植物性の有機物を原料にした肥料を使用しています。
化学肥料に比べて費用と手間が非常にかかりますが、土壌改良効果が高く微生物が活発になるので、効果がゆっくり長くつづきます。

夕張の山々から流れる夕張川から水を引いています。
夕張川は自然の養分をしっかり含んだ雪解け水が、太陽の日差しをたくさん浴びることで冷たくなり過ぎず、田んぼまで流れ着きます。
そのため稲の成長に非常に適していて、丈夫で味の濃いお米が育ちます。

美味しいお米を作りたいという思いから、真田農場では農薬・肥料の管理など、食の安全や環境保全に関する多くの基準が定められています。